Signets de l'ARPe

Où trouver des modèles moléculaires ?

Voici une liste de sites offrant des collections de fichiers au format pdb (Protein Data Bank) exploitables par les programmes usuels de présentation de molécules : RasMol et sa version réseau Chime, Swiss-PDB Viewer etc...

KLOTHO : Biochemical Compounds Declarative Database
http://www.biocheminfo.org/klotho/
Le "top" du mieux dans le domaine : une vraie base de données avec moteur de recherche - plus de 400 modèles en ligne, mais uniquement des petites molécules (oses, acides gras et aminés, hormones, vitamines, intermédiaires métaboliques...). Attention ! L'accès au site est souvent capricieux.

Chemistry Molecular Models
http://www.uwsp.edu/chemistry/pdbs/
Tous types de molécules, organiques ou non, de l'eau au plexiglass en passant par quelques protéines et acides nucléiques...

Molecular Modeling for Chemical Education
http://www.molecules.org
Site pédagogique dédié à la modélisation moléculaire, offrant une petite collection de modèles (suivre le lien Chemical Structures dans la marge, puis utiliser l'option standard display pour télécharger les fichiers).

The NIH Molecular Modeling Home Page
http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html
Principalement des protéines, classées par fonctions dans un tableau d'accès pratique.

3-D Virtual Chemistry Library
http://www.ch.ic.ac.uk/vchemlib/mol/contents.html
Des molécules pour tous les goûts (et aussi pour tous les odorats !), de toutes les tailles, de tous les styles, de tous les tous... idéal pour faire son marché.

Molecular Models from Chemistry at Okanagan University College
http://people.ouc.bc.ca/woodcock/molecule/molecule.html
Même commentaire que ci-dessus.

PDBsum : A Database of the Known 3D Structures of proteins and Nucleic Acids
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/
Vous cherchez les coordonnées atomiques d'une molécule dans la Protein Data Bank de Brookhaven ? Entrez son code PDB (ou juste un mot-clé), et toutes les références la concernant seront à vos pieds, au delà de toute espérance. A l'ARPe c'est notre outil de prédilection !

The Nucleic Acid Database (NDB) Project
http://beta-ndb.rutgers.edu/download_data/index.html
Obligatoire pour les structures de polynucléotides et d'acides nucléiques. Malheureusement, la base de données est encore en travaux, et le manque de commentaire rend la recherche assez ardue...

PDB Files for Teaching Biochemistry
http://chemistry.gsu.edu/glactone/PDB/pdb.html
Quand le privé met ses ressources à la disposition du public : acides aminés, acides nucléiques, cofacteurs, métabolisme du glucose, photosynthèse... au bonheur des enseignants de biochimie !

Lipid Bilayer Membranes for RasMol
www.umass.edu/microbio/rasmol/bilayers.htm
Fichiers pdb disponibles pour une bicouche de phosphatidyl choline hydratée sur ses deux faces, dans différentes configurations (simulations sur ordinateur).

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Sites utilisant Chime et RasMol

Chime est l'un des outils les plus extraordinaires de présentation de contenus pédagogiques en chimie, biochimie et biologie moléculaire sur le réseau. Malheureusement, les versions les plus récentes des navigateurs Internet ne sont pas (ou très peu) compatibles avec cet inestimable outil. Pour éviter tout problème sur toute plate-forme, utiliser un vieux Netscape des familles (version 4.08 à 4.76) comme il est dit à cette adresse ! (en anglais, sorry, but there is a page in español también).

Chime Resources
http://www.umass.edu/microbio/chime/
Didacticiels sur l'ADN, l'hémoglobine, les anticorps, le complexe majeur d'histocompatibilité, la bicouche lipidique et le canal gramicidine, spectres infra-rouge avec vibrations moléculaires animées, et bien d'autres choses encore pour qui a le courage de suivre les liens.

Molecular Models for Biochemistry
http://info.bio.cmu.edu/Courses/BiochemMols/BCMolecules.html
Les pages référencées ici utilisent la 3-D dans Chime et Rasmol pour construire des didacticiels et des exercices de biochimie structurale dans différents domaines.

The CHEM Pages
http://alta1.middlebury.edu/chemistry/class/bio/
Didacticiels sur la structure des protéines en général, le lysozyme en particulier, ou encore la grande sous-unité du ribosome, dans Chime ou dans RasMol.

The Kuby Immunology Web Site
http://www.whfreeman.com/immunology/INDEX.HTML
Suivre les liens "EDUCATIONAL RESOURCES -> Chapter resources" pour accéder à une collection d'articles sur les immonoglobulines illustrés avec Chime.

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Sites d'intérêt général en Biochimie (DEUG et Licence)

Biochimie médicale, végétale ou microbienne, voici quelques repères choisis pour faire le point.

International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB)
http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb/
La référence internationale pour la nomenclature des biomolécules (et des autres).

The Medical Biochemistry Page
http://web.indstate.edu/thcme/mwking/home.html
Une collection de mises au point sur de nombreux sujets de biochimie médicale, des équilibres chimiques aux oncogènes...

Plant Biochemistry
http://www.uky.edu/~dhild/biochem/lecture.html
Photosynthèse, respiration, métabolisme des glucides, lipides, métabolites secondaires, métabolisme de l'azote. Une présentation sobre (quelquefois spartiate même), classique, mais pertinente jusqu'aux frontières de la biochimie végétale.

The Biology Project
http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/biochemistry.html
Cours et exercices de compéhension sur la chimie de la vie, l'enzymologie, le métabolisme etc...

KUMC Medical Biochemistry
http://www.kumc.edu/research/medicine/biochemistry/bioc800/biocindx.htm
Diaporamas sur différents chapitres de biochimie médicale. Présentation intéressante.

General Organic and Biochemistry
http://ull.chemistry.uakron.edu/genobc/
Même commentaire que ci-dessus, mais avec des animations en prime.

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Quelques sites thématiques (DEUG et Licence)

Biological Energy Conversion
http://www.life.uiuc.edu/crofts/bioph354/index.html
Introduit et explore les principaux mécanismes de conversion d'énergie en biologie (principalement respiration et photosynthèse), et les outils physico-chimiques nécessaires à leur description. Très complet, très clair, très bien illustré et très à jour.

Membrane Protein Resources
http://blanco.biomol.uci.edu
Articles et liens vers des resources diverses sur les protéines membranaires.

Entropy and the Second Law of Thermodynamics
http://www.2ndlaw.com
Un jeu virtuel de questions-réponses entre un enseignant dévoué et compréhensif et un étudiant particulièrement x@y!z*?$ remet les idées en place, dans ce domaine chéri des biologistes. Pour les "nuls" il est recommandé de visiter d'abord cette adresse :www.secondlaw.com.

Glycoforum
http://www.glycoforum.gr.jp/
Source inestimable d'articles et de mises au point sur les polysacharides et les glycoconjugués (il y a aussi une version en japonais, pour ceux qui ne liraient pas l'anglais ;-).

Water Structure and Behavior
http://www.sbu.ac.uk/water/index.html
"La biochimie est avant tout la chimie de l'eau" disait un auteur célèbre... Ce site est un petit bijou.

Principles of Protein Structure using the Internet
http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/course/index.html
Commence à prendre de l'âge (1996) comme toutes les bibles, mais reste une référence incontestable. Il en existe une version plus récente, mais elle est payante. Si tu me files $1 je te montre mon hélice a. Longue vie au libéralisme culturel !

Modélisation et infographie moléculaires

Dr. S. Immel : Home Page
http://caramel.oc.chemie.tu-darmstadt.de/~lemmi/index.html
Simulation sur ordinateur des propriétés biologiques et chimiques des sucres : saccharose, fructose, cyclodextrines et amidon.

The Science and Art of Molecular Surfaces
http://www.netsci.org/Science/Compchem/feature15.html
De l'art et de la manière d'illustrer les propriétés des macromolécules grâce à leurs surfaces.

Modes de Représentation en Infographie Moléculaire
http://scsg9.unige.ch/fln/tabmat.html
De l'art et de la manière d'illustrer les propriétés des macromolécules grâce à leurs surfaces.

Introduction à la modélisation moléculaire
http://www.cpe.fr/gmm/index_modelisation.html
Cours en ligne sur les principes de base de la modélisation moléculaire - mécanique moléculaire et chimie quantique.

NIH Center for Molecular Modeling
http://cmm.info.nih.gov/modeling/
Ressources et expertises en modélisation moléculaire : didacticiels, logiciels....

Molecular Graphics with POVRay and Swiss-PDB Viewer
wwwchem.leidenuniv.nl/metprot/armand/
Quand l'infographie moléculaire ouvre la porte aux rêves....

L'ARPe-Biochimie à Paris 6
 Anne-Marie LESENEY
 Dominique BOUVIER

Dernière mise à jour le 04 décembre 2002